Катастрофа с секвенированием вирусного генома в Италии (в отличие от Великобритании)
Италия находится среди последних стран в мире по скорости секвенирования. Вот что говорит Европейская лаборатория молекулярной биологии (EMBL), самый важный европейский институт в этом секторе.
В декабре Великобритания столкнулась с новым всплеском инфекций — с 10 тысяч заражений в день до 70 тысяч. Виновником стал новый штамм коронавируса, научное название которого B117, переименованный в «английский вариант». Среди средств, применяемых Соединенным Королевством для борьбы со второй волной мутировавшего covid-19, — секвенирование или изучение всех отдельных единиц, составляющих ДНК вируса. Секвенирование чрезвычайно полезно для определения того, мутировал ли вирус и находятся ли в обращении новые варианты. Presa Diretta , транслируемая Rai 3 , посвятила расследование этой деятельности, сравнив то, что происходит в Италии, с тем, что происходит на Ла-Манше. Актуальны откровения руководителей Европейской лаборатории молекулярной биологии (EMBL), самого важного европейского института в этом секторе .
Вот все подробности.
Английский вариант: работа по секвенированию EMBL
«Мы впервые обнаружили так называемый« английский вариант »у пациента в сентябре, но только в декабре мы осознали, насколько он опасен, — говорит Юэн Бирни , заместитель директора EMBL, — для микрофонов прямого ввода . Поэтому мы уведомили органы здравоохранения и поделились данными с научным сообществом ». Из Лондона вариант B117 вскоре распространился в другие европейские страны, Нидерланды, Ирландию, Португалию, Германию и Данию. В Италии первые случаи зарегистрированы в Умбрии и Абруццо , но через короткое время они будут распространены на всей территории страны. «По прошествии длительного времени в обращении вируса рано или поздно появляются комбинации мутаций, которые придают вирусу различные характеристики, — пояснил проф. Франческо Лескай (Департамент биологии и биотехнологии, Университет Павии) -. Английский вариант имеет 17 мутаций в геноме из примерно 30 тысяч букв, которые повышают эффективность его связывания с клетками человека ».
Английский вариант: более заразный и более смертоносный
«Английский вариант делает вирус на 50% более заразным , поэтому за месяц у нас есть рост числа заражений от 8 до 10 раз, — продолжает Юэн Бирни, -. Тревожный аспект, потому что, когда кривая заражения поднимается, становится невозможно контролировать пандемию. Вариант B117 не только более заразен, но и более смертен, некоторые исследования говорят о 15-20% смертях больше, чем исходный вирус ». С очень трудным клиентом. Чтобы не удивляться, можно усилить надзор за счет изучения последовательности вируса. «Секвенирование означает взятие всего вирусного генома и его полное чтение, — добавляет проф. Франческо Лескай -. Это необходимо для того, чтобы определить, какой вирус заразил человека. Италия анализирует только 1 образец на тысячу положительных мазков. Так что очень мало ».
Италия среди последних в классе по секвенированию
Наша страна одна из последних в мире по скорости секвенирования. В рейтинге Presa Diretta наша страна находится после Бангладеш, Шри-Ланки и Омана. За один год нам удалось секвенировать только 4 тысячи мазков против 250 тысяч в Великобритании , страже Европы. «Я думаю, что Италия может сделать больше, — говорит заместитель директора EMBL. Мы, как EMBL, являемся европейским учреждением, готовым помочь другим странам оперативно собирать и передавать генетические данные вируса и его вариантов ». Италия также сильно отстает по вариантам отчетности в международной базе данных. «У нас средний депозит 70 дней, данные депонируются даже через 300 дней после сбора образца, — признает проф. Лескай -. Это много. В Англии средний депозит составляет 24 дня ».
В Италии каждый пятый инфицированный имеет английский вариант.
Первые случаи «английского варианта» в Италии сертифицированы 21 декабря 2020 года. Министерство здравоохранения издает первый циркуляр только 31 января. Рекомендации включают возобновление отслеживания контактов и секвенирование не менее 500 мазков в неделю . «В Соединенном Королевстве снимается не менее 10 тысяч мазков в неделю, — добавляет Эван Бирни. Я думаю, что каждая страна должна секвенировать не менее 5% положительных кошек, а лучше 10%. Это осуществимо, и в Италии есть прекрасные ученые-геномики, которые могут это сделать ». Сегодня среди итальянских положительных результатов каждый пятый представляет английскую версию вируса. Секвенирование очень важно, потому что оно позволяет нам понять, какие штаммы циркулируют в стране, и подготовиться к сдерживанию распространения до того, как больницы переполнятся. Это также полезно для наблюдения за мутациями, устойчивыми к вакцинам.
Устойчивость к вакцинам: другая сторона вариантов
Устойчивость к вакцинам — причина того, что южноафриканский и бразильский варианты лишают врачей и ученых сна. «Южноафриканский вариант на данный момент вызывает наибольшее беспокойство не только потому, что он передается больше, но и потому, что он способен избегать антител, — заключает заместитель директора EMBL. Это означает, что если человек уже заразился Covid-19, он может снова заболеть. Все вакцины менее эффективны с южноафриканским вариантом , по крайней мере, в предотвращении легких форм. Мы ожидаем появления большего количества вариантов, потому что массовая вакцинация увеличивает давление на вирус и способность уклоняться от антител. Мы вакцинируем как можно больше людей в кратчайшие сроки. Но давайте учтем необходимость делать третий отзыв, рассчитанный на самые свежие варианты ». Вакцины были разработаны на основе первого вируса Sars-cov2 из Ухани. Однако вакцины можно очень быстро модифицировать благодаря технологии мессенджеров РНК. «Во всех странах должен быть надзор за вакцинами. Необходимо следить за тем, сколько людей заражается, и убедиться, что профиль безопасности подтвержден, — говорит Армандо Генаццани (Комитет по лекарственным средствам для людей EMA) в конце отчета. EMA увидит эти данные и сможет принять меры. Вакцина тем сильнее, чем надежнее ее данные ».
Это автоматический перевод публикации, опубликованной в журнале Start Magazine по адресу https://www.startmag.it/sanita/disastro-sequenziamento-del-genoma-del-virus-in-italia-a-differenza-della-gran-bretagna/ в Thu, 25 Feb 2021 08:39:49 +0000.